Trong lúc này, giữa Lý Phục Uy và Phụ Công Thạch nảy sinh xung khắc. Trong nhiều năm, vì biết tình bằng hữu sâu đậm giữa hai người nên bính lính đã tôn Lý Phục Uy là "cha" và tôn Phụ Công Thạch là "chú". Tuy nhiên, Lý Phục Uy lại trở nên nghi ngại về sự tôn trọng mà binh lính dành cho Phụ Công Thạch, vì thế ông ta bắt đầu trao thêm nhiều quyền uy cho Vương Hùng Đản và Khám Lăng, cho họ thống lĩnh quân đội trên thực tế. Đến khi Phụ Công Thạch nhận ra rằng Lý Phục Uy nghi ngờ mình, ông trở nên bực tức, song giả bộ mất hứng thú với quân đội, thay vào đó quay sang cùng với một cố nhân là Tả Du Tiên (左遊仙) học giả kim thuật.

Năm 622, Lý Phục Uy lo sợ Đường Cao Tổ sẽ nghi ngờ về lòng trung thành của ông ta, vì thế đã quyết định đến kinh thành Trường An của Đường, đem Khám Lăng đi cùng. Trước khi đi, Lý Phục Uy trao lại quyền thống lĩnh quân lính cho Phụ Công Thạch, Vương Hùng Đản làm phó song nắm quyền trên thực tế, Lý Phục Uy bí mật nói với Vương Hùng Đản cần đề phòng Phụ Công Thạch làm biến. Khi Lý Phục Uy đến Trường An, được Đường Cao Tổ đối đãi tốt, song Đường Cao Tổ không cho Lý Phục Uy và Khám Lăng trở về Đan Dương.

Khi Lý Phục Uy rời khỏi Đan Dương, Tả Du Tiên đã thuyết phụ Phụ Công Thạch khởi binh. Tuy nhiên, do quyền lực thực tế nằm trong tay Vương Hùng Đản, Phụ Công Thạch đã lừa Vương rằng Lý Phục Uy ngờ vực về lòng trung thành của Vương. Vương Hùng Đản tức giận nên đã từ bỏ quyền thống lĩnh binh sĩ, Phụ Công Thạch nắm lấy quyền lực và cố thuyết phục Vương tham gia cùng mình. Vương Hùng Đản nhận ra rằng mình đã bị lừa, từ chối tham gia nên đã bị Phụ Công Thạch siết cổ chết. Vào mùa thu năm 623, Phụ Công Thạch tuyên bố rằng Lý Phục Uy đã bị Đường Cao Tổ giam giữ và lệnh cho ông nổi dậy. Sau đó, Phụ Công Thạch tự xưng là Tống Đế. Tương Thiện An (張善安) là một thủ lĩnh nổi dậy kiểm soát khu vực nay là bắc bộ Giang Tây và đông bộ Hồ Bắc, mặc dù trước đó đã quy phục triều Đường song nay Tương đã chuyển sang quy phục Phụ Công Thạch. Đường Cao Tổ phái các bộ tướng là Lý Hiếu Cung, Lý Tĩnh, Hoàng Quân Hán (黃君漢) và Lý Thế Tích suất quân đi đánh Phụ Công Thạch, quyền thống lĩnh giao cho Lý Hiếu Cung. Vào mùa đông năm 623, Trương Thiện An bị tướng Đường là Lý Đại Lượng (李大亮) bắt giữ, Phụ Công Thạch mất đi một cánh quân hỗ trợ.